Можно думаю написать так:

Если Объект.Код = "000000001" тогда
    
    Объект.Наименование = "GS основной склад";
    
КонецЕсли;    

в ПКО, но может есть способ проще?

(0) есть . в свойствах Наименования воткнуть галку - не изменять свойство у существующих  бла бла бла

если по-условию, то в передвыгрузкой в наименовании поставить отказ = истина

чтоб свойство вообще не выгружалосб, главное, чтоб это поле не участвовало в поиске по реквизитам

(2) Нужно только с условием по одному коду справочника. А как из ПКС Наменования получить Код?
Или проверять только на сравнение Наименований?

То есть в ПКС Наименования:
Если Источник = "бла-бла" тогда
    
    Отказ = Истина;
    
КонецЕсли;
Так?

(5)
Если Источник.Код = ... Тогда
  Отказ = Истина;
КонецЕсли;

надеюсь, галки поиск на наименовании у тя нет :)

(7) Нее, спасибо )

А еще вопрос по документу:

Надо выгружать только доки с определенным контраегнтом. Пишем в ПКО реализацииТиУ перед выгрузкой:
Если Источник.Контрагент <> "ЦНТ010086" тогда
    
    Отказ = Истина;
    
КонецЕсли;    

Так должно работать? чет не пашет у меня просто ...

(9) контрагент - не строка :)

в худшем случае, так:
Если Источник.Контрагент.Код <> "ЦНТ010086"

блин, точно, а источник. или объект.?

(12) в ПередВыгрузкой  - Источник