Добрый день. Мы бюджетная организация. Обязали перейти на систему Astra Linux.Система не распознает базовую версию при активации лицензии, вместо 16 цифр пин-кода дает 15 .

Убедитесь, что ставите базовую конфигурацию и по инструкции. "Меня терзают смутные сомнения". Что ставите?

(0) Правильно в (1) спрашивает.Вам надо установить сначала базовую конфигурацию,а затем из нее запросить лицензию.

Конфигурацию именно базовую установили.

(0) базу переносите с Windows или создаете новую чистую?

Перенесли с  Windows.

а у кого-нибудь есть опыт успешной установки именно базовых версий на Линукс ?

(5) База не базовая )

(5) базу выгружали из конфигуратора в файл 1cv8.dt или просто скопировали весь каталог средствами ОС?

(0) 1с получает проф лицензию откуда-то

(0) Мне кажется вам сюда, это не только в Linux происходит.
https://nastroyka-1c.ru/2021/11/sluchaj-s-aktivaciej-licenzii-1s/