НД = РегистрыСведений.ИмяРегистра.СоздатьНаборЗаписей();
ТЗ = НД.Выгрузить();
Для Каждого Стр Из ТЗ Цикл
Стр.ИмяРеквизита = Значение;
КонецЦикла;
НД.Загрузить(ТЗ);
НД.Записать();
В результате второй строчки - пустая ТЗ, хотя записи в таблице есть.
Потом эта пустая ТЗ перезаписывает регистр и соответственно очищает его.