Как не запросом выбрать из ТЗ сначала первые 200 записей, потом вторые и так далее?

Считать в цикле - не предлагать?

В цикле перебора счетчик.
Цикл по индексу.

А зачем (0)?

Для Индекс = НачальныйИндекс По Мин(НачальныйИндекс + Шаг, ТЗ.Количество()) Цикл
       СтрТЗ = ТЗ[Индекс];
   КонецЦикла;

Циклом очень долго - под 50 000 записей грузится

(4) Это разве много)))

если учесть, что таких файлов под 100 в день - то да

(6) это все равно мелочи

(6) смысл задачи объясни...

(6) а запрос выполнить а потом перебрать, а потом опять выполнить перебрать выполнитьперебрать будет, видимо, быстрее, чем в цикле, да?