Не пойму как в СКД делать запрос к категориям(не на закладке Характеристики).
К примеру у нас есть категория "Я первая категория" установлена у спр Контрагент.

категории имеют ТипЗнч(Справочники.КатегорииОбъектов)

пятница медлено все работают? :)

к регистру сведений категорииобъектов делай. там факт наличия строки означает что категория включена

(3) ух ты. спс. не заметил этот регистр :)

для индексации :)
ВЫБРАТЬ
   Контрагенты.Ссылка,
   КатегорииОбъектов.Категория,
   Контрагенты.ИНН,
   Контрагенты.Регион.Код
ИЗ
   Справочник.Контрагенты КАК Контрагенты
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.КатегорииОбъектов КАК КатегорииОбъектов
       ПО Контрагенты.Ссылка = КатегорииОбъектов.Объект

и на закладке Отборы выбираем КатегорииОбъектов для фильтра по конкретной категории :)