Возможно штатными средствами настроить так , что бы на одном фискальнике печатались разные названия/номера касс , в зависимости от того какая касса выбрана в документе? Где это настраивается?

ну для начала наверное нужно сказать, какая модель ФР у вас используется и с какими драйверами.
у нас для Мрии нужно было задавать реквизиты шапки перед печатью чека непосредственно в коде конфигурации.