При проведении документов в БП 2.0 выдается служебное сообщение:

<<Проведение документа: Расходный кассовый ордер (Возврат покупателю)
По документу "Возврат товаров от покупателя" остатков задолженности не обнаружено.
Сумма 1789 руб. будет отнесена на счет авансов (62.01).>>

Почему такое происходит и как исправить?

Ну так БП написала же - нет остатков задолженности. Правда умиляет счет авансов = 62.01, но это отдельная тема...
предполагается, что возвращать деньги покупателю можно только поле получения этих денег либо после оформления операции возврата товара покупателем. Судя по всему ни первого ни второго нет, либо аналитика расходника иная.