Что-то я непонял прикола, после обновления корректировочные счет-фактуры в 20 релизе поудаляли и сделали на основе них корректировки поступлений и реализаций, а как же движения по регистрам НДС, кот. там были?

При обновлении запускаются обработки, которые по идее должны перенести движения с одного документа на его заменитель

документы сделались, а движения - нет ?!

запускай проведение по регистрам НДС и будет счастье

в каком документе "запускать" ?

организм одноклеточный? :)
ищи в обработках