В 1С 8.2 появился объект метаданных - хранилище настроек. Я так понимаю, что данный объект является менеджером, позволяющим организовать принцип хранения настроек, сами настройки он никуда не сохраняет?. Подскажите плз как лучше организовать структуру для хранения настроек и куда их лучше сохранять?

Сохраняет

Только в ХранилищеСистемныхНастроек, ХранилищеОбщихНастроек, и.т.д.

Вообще полезная вещь, но осторожная - простая табличка в SQL, с индексированными ключами -
(<КлючОбъекта>, <КлючНастроек>, <ИмяПользователя>)

Давайте им краткие имена, храните сложные объекты лучше.

ИмяПользователя можно придумать любое, одно для всех пользователей, это тупо строка.