А ларчик просто открывался, в требовании накладной, в табличной части материалы, есть колонка ОтражениеВУСН, по умолчанию скрытая. При автоматической обработке он не проставлялся. В результате входящий НДС минусовало, а саму себестоимость оплаченной номенклатуры не учитывало. Косяк простой но время на себя потребовал. Будьте внимательны товарищи.
з.ы. Так же крайне рекомендую в проблемных ситуациях поднять чистую базу Бухгалтерии и прогнать контрольный пример на новой организации и 2-3 документах.

О, ты нам открыл глаза, великий Мастер. Мы до этого ни разу не использовали Ваш магический метод - прогнать контрольный пример на 2-3 документов. Спасибо огромное - будем осторожнее.