Есть обработка на 4 000 стр. разбираться в коде, как то не хочется :)
Заметил только вот такую ерунду, что если задать не стандартный период типа Месяц+1день или Квартал+1день, отчет отрабатывает в десятки раз быстрее. Какие-то идеи есть?

С итогами какими-нить связано

переходи на v8, там нормально

(1) пересчет может поможет?

(3) нет, у ключек двигло кривое

*клюшек

можно на прямые запросы переписать по нормальному, но геморройно

3 кв
Отчет.ОборотноСальдоваяВедомостьПоСчету.Форма    2492    Если Ит.ВыполнитьЗапрос(Дата1, Дата2, СписокСчетов) = 0 Тогда    1    0.645477    15.18
3 кв +1 день
Отчет.ОборотноСальдоваяВедомостьПоСчету.Форма    2492    Если Ит.ВыполнитьЗапрос(Дата1, Дата2, СписокСчетов) = 0 Тогда    1    0.806612    19.68
результаты налицо

(7) ты хочешь сказать, что ерунда однозначно с Бух. итогами. Диагноз - "Пересчет бух. итогов"?

(8) Сделай замер на типовах отчетах для начала