Сч60 = СчетПоКоду("60");
Сч18 = СчетПоКоду("18.3");
       Ит=СоздатьОбъект("БухгалтерскиеИтоги");
   Ит.ИспользоватьСубконто("Контрагенты");
   Ит.ВыполнитьЗапрос (ДатаНач, ДатаКон, "60, 18.3",);    


   
Ит.ВыбратьСчета();
Пока Ит.ПолучитьСчет() = 1 Цикл
   Ит.ВыбратьСубконто(1);
   Пока Ит.ПолучитьСубконто(1) = 1 Цикл
       Если Ит.Счет.Код = Сч60.Код Тогда



Берёт только счёт 18.3. Пробовал в 2 запроса выдаёт ошибку  "Данная операция допустима только в режиме запроса по аналитике".

Ит.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Контрагенты,,1);

Все равно выдаёт ошибку о запросе о аналитике.

Ит=СоздатьОбъект("БухгалтерскиеИтоги");
   Ит.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Контрагенты,1);
   Ит.ВыполнитьЗапрос (ДатаНач, ДатаКон, "60");    
   Ит.ВыполнитьЗапрос (ДатаНач, ДатаКон, "18.3");
   Ит.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Контрагенты,1);

Ит.ВыбратьСчета();
Пока Ит.ПолучитьСчет() = 1 Цикл
   Ит.ВыбратьСубконто(1);
   Пока Ит.ПолучитьСубконто(1) = 1 Цикл
       Если Ит.Счет.Код = Сч60.Код Тогда            
       ТЗ.НоваяСтрока();
       ТЗ.Код = Ит.Субконто(1).Код;        
       ТЗ.ДЕБЕТ = Ит.СНД(Число(Сч60));
       ТЗ.КРЕДИТ = Ит.СНК(Число(Сч60));        
       КонецЕсли;    

   
       Если Ит.Счет.Код = Сч18.Код Тогда    
           ТЗ.ДЕБЕТНДС = Ит.СНД(Число(Сч18));
           ТЗ.КРЕДИТНДС = Ит.СНК(Число(Сч18));        
       КонецЕсли;

какая-то фигня, ты хоть отладчиком пройдись по коду хотя бы раз.
А вообще, в твоём случае надо воспользоваться конструктором бух.итогов. Как только добьёшься нужный тебе цифр на экране, уже переходи к заполнению ТЗ

что такое 18.3 ?

у белорусов вроде бы аналог нашего российского 19.3