Не могу найти. Товары, деньги, расчеты-есть, а НДС нет((

А куда вы хотите НДС занести? Не вижу там прямого учета НДС в качестве активов/пассивов предприятия... Но плохо знаю УТ.
А чем плоха уже таком случае вариация ввода документом "Корректировка регистров"? Как раньше делали.

А разве НДС не в себестоимости товара?

(1)В 10.3 документ был специальный

(3) В УТ 10.3 был отдельный регистр по НДС, в УТ 11 нет. Куда собрался вносить?

(4) Я думал там остались регистры эти с НДС

в УТ 11 есть какой-то регистр НДС Принятый к вычету и еще парочка аналогичных. Но сомневаюсь, что в ней можно легко подготовить данные для формирования деклараций по НДС. В стоимость товаров можно посадить следующие ресурсы: Стоимость и "стоимость без НДС", неужели НДС из этих полей высчитываться будет?