Подскажите как лучше организовать обмен контрагентами между документооборотом и бухгалтерией (в одну сторону - из бухгалтерии в документооборот).

План обмена, конвертация

а встроенными механизмами?

План обмена - встроенный механизм, правила обмена с УПП в комплекте с документооборотом. В каталоге шаблона конфигурации/обновления посмотри