Если выбираю остатки по регистру остатков и в запрос добавляю поле "Сделка" которая при приходе и расходе разная то остаток не сворачивается а выбирается первая запись. Это нормальная логика?

эээ...чо?

нет, приход и расход по одной сделке должен быть

насчет "выбирается первая запись" воще непонятно

ну вот был приход сделка реализация, был расход сделка отчет комиссионеру. Когда выбираешь остаток по регистру с полем сделка берет количество прихода и сделку реализацию. А почему не второй документ или третий?

ну показывайте запрос уже