Добрый день. Как отключить возможность настройки панелей разделов, навигации и пр. в основном окне управляемого приложения 1с 8?

никак

а если хорошо подумать?

вот упертый а.

при обновлении формы устанавливать ей стандартные натройки, если они не стандартные

(4)речь не про форму, а про интерфейс основного окна
(0) действительно, никак =) все для пользователя =)