Делаю перенос файлов конвертацией из справочника ХранилищеДополнительнойИнформации(УПП) в справочник Файлы(Документооборот). Дополнительно к справочнику файлы нужно создать элемент в справочнике ВерсииФайлов.
В ПКО После загрузки, создаю версию РаботаСФайламиВызовСервера.СоздатьВерсию(), обработка загрузки вылетает с ошибкой "Операция не может быть выполнена из-за несоответствия верчии или отсутствия записи базы данных...".
Как можно обойти это?

Могу предположить, что После загрузки объект может быть еще не записан. Я столкнулся с этим, когда создавал регистр соответствия при загрузке элементов. В ряде случаев в ПКО после загрузки у вас еще нет ссылки, чтобы ее использовать.

Попробовать использовать глобальный обработчик ПозлеЗагрузкиДанных.