Есть отчет в конфигурации.
Содержимое макета пустое - нет ни наборов данных, ни настроек, ничего.
Сохраняю, как внешний - картина та же.

В режиме предприятия отчет работает, настройки на месте.

Как такое могло произойти и можно ли восстановить СКД?
Может, можно как-то выгрузить схему в пользовательском режиме (не настройки, а всю схему целиком)?

схему можно выгрузить в хмл
а макет должен быть? рисовал руками?

(1) макет (как объект отчета, а не СКД) есть. Думаю, что отчет рисовался стандартно, без хитростей.

(1) а как ее можно выгрузить в режиме 1С-предприятия?

(3) в режиме предприятия - смотри кнопки справа по Настройки

Есть подозрение, что если "макет (как объект отчета, а не СКД) есть", а макета компоновки данных нету - это не СКД... Скорее всего универсальный отчет

(4) нет там такого.
читай (0) "Может, можно как-то выгрузить схему в пользовательском режиме (не настройки, а всю схему целиком)?"

(5) писал же. Есть "ОсновнаяСхемаКомановкиДанных". Она совсем пустая. В отчете используется именно она

В принципе на восстановление отчета пофиг - его написать заново не долго.

Интересна причина сего факта.