Соственно надо добавить отбор по Организации

В обработке УниверсальныйОбменДаннымиXML выгрузил модкль отладки выгрузки, создал ОбработчикиВыгрузкиДанныхРозницаБП.epf

// Для  решения задачи достаточно будет в
Процедура Конвертация_ПередВыгрузкойОбъекта(ФайлОбмена, Отказ, ИмяПКО, Правило, ВходящиеДанные, ИсходящиеДанные,Объект) Экспорт

// добавить что-то типа:
       Если Объект.Организация <> ПараметрОрганизация Тогда
           Отказ = Истина;
       КонецЕсли;
// или это надо в каждую процедуру типа:
Процедура ПКО_ПередВыгрузкой_ПоступлениеТоваровУслуг(...
?

или не мучиться и делать отбор в КД?

КД

прийдется таки конкретно описывать, ибо в Рознице до Организации добираться приходится "через голову":

Источник.КассаККМ.Организация
Источник.Склад.Организация
Источник.Магазин.ОсновнойСклад.Организация