При обмене данными по правилам созданным в "конвертации данных" объекты удаленные в базе источнике удаляются в базе приемнике без контроля ссылок.
Как сделать так чтобы переносилось "Пометить на удаление" а не "удалить"?

Распределенка?

(1) да

В "Конвертации данных" в конвертации есть флаг Удалять сопоставленные объекты в приемнике при их удалении в приемнике (только для On-Line)
Нужно для Off-Line по правилам обмена

ЗаписатьУдалениеОбъектаВФайл                      

Посмотри алгоритм.

(4) "ЗаписатьУдалениеОбъектаВФайл" глобальный поиск по конфигурациям не дал результатов

может имелось ввиду обработка события "После выгрузки объекта" в конвертации?

вобщем сделал так
в обработке "Обмен данными XML" в процедуре

УдалитьОбъект(Объект, УдалитьНепосредственно, ИмяТипа = "")

поставил

УдалитьНепосредственно=Ложь

есть более цивилизованные варианты?