Выбираю в запросе значения из характеристик руками (не встроенным механизмом) так как далее мне нужно подставить это поле в случае, если таких данных не найдено в РС.
Соотвественно содержимое этой ячейки либо Характеристика либо СправочникСсылка.
При отборе правильно отбираются только данные из РС. Те, данные, что были получены из характеристик в таблицу не попадают.

Пробовал в запросе приводить характеристику к типу Справочник ссылка - не помогло.
Пробовал в отборе принудительно приводить значение к характеристике - тоже не получилось (привести)
ЭлементОтбора.ПравоеЗначение = Метаданные.ПланыВидовХарактеристик.CW_ПараметрыГрузоперевозок.Тип.ПривестиЗначение(ЭлементОтбора.ПравоеЗначение)

Дабы избежать коммента "продолжайте наблюдения", я бы сформулировал вопрос.

Обнаружил ещё интересную вещь. Поле дата, которое получается в обоих случаях только из типа Дата, тоже не попадает в отбор. Тоесть дело не в Типе данных, а в источнике.
На каком этапе производится отбор в СКД? У меня в макете скд большой пакетный запрос, где в итоговой таблице в столбце данные одинакового типа. Одни из них попадают в отбор, другие нет. Я не пойму СКД лезет в мои пакеты и различает источники? Как заставить её смотреть только таблицу с выборкой данных?

Выгружать таблицу и загружать её обратно? :)

Загружать таблицу снаружи в СКД - не даёт:
Ругается на &ТаблицаПараметр

ВЫБРАТЬ
    Т.ПереданПорожним,
    Т.СтанцияОтправления,
    Т.АгентОтправитель,
    Т.Отгружен,
    Т.АгентПолучатель,
    Т.СтанцияНазначения,
    Т.Ставка,
    Т.Выставили,
    Т.Оплачено,
    Т.НаКогоВыставлять
ПОМЕСТИТЬ БезППИмпорта
ИЗ
    &ТаблицаПараметр КАК Т
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    БезППИмпорта.ПереданПорожним,
    БезППИмпорта.СтанцияОтправления,
    БезППИмпорта.АгентОтправитель,
    БезППИмпорта.Отгружен,
    БезППИмпорта.АгентПолучатель,
    БезППИмпорта.СтанцияНазначения,
    БезППИмпорта.Ставка,
    БезППИмпорта.Выставили,
    БезППИмпорта.Оплачено,
    БезППИмпорта.НаКогоВыставлять
ИЗ
    БезППИмпорта КАК БезППИмпорта

Познакомился с Консолью отчетов и выяснил, что отбор накладывается не на последний пакет, а на средний. Как заставить отбирать по последнему пакету?

СКД ориентируется на названия полей. В том пакете, где появится название первым, будет вставлено условие. Изменил название поля в первых пакетах и всё полетело и поехало.

Посмотрите вот это: http://infostart.ru/public/185880/

Как вариант: отключить галку автозаполнение и настроить выбираемые и поля отборов вручную