Возможно ли использовать такую конструкцию?
SELECT Номенклатура.ID Ном
FROM $Справочник.Номенклатура AS Номенклатура With (NOLOCK)
WHERE
IF Номенклатура.IsFolder = 2
THEN $Номенклатура.Артикул NOT LIKE '%*%') AND ($Номенклатура.Артикул NOT LIKE '%P%') AND ($Номенклатура.Артикул NOT LIKE '%Р%') AND ($Номенклатура.НеВключатьВпрайс=0) AND ($Номенклатура.ФотоВключить=1)
END if

или как наложить условия только на элементы чтобы в выборке не отсекались группы...

where
case when Номенклатура.IsFolder = 2 then ...
else true
end

where
NOT(Номенклатура.IsFolder = 2) OR (остальные условия);

(2) твоя правда спасибо :)