Получаю данный из ВХ, таблицу значений.
Сворачиваю ее, сортирую. Потом получаю еще раз в хранилище уже измененная версия. Это нормально?

Я так понимаю, больше никто не сталкивался?

скопировать перед манипуляциями, кэп.

тоже самое, что в модулях с повторным возвращением значений.

Да, так бывает. Ты из хранилища получил ссылку на таблицу значений.

Какую ты преследовал цель, помещая и получая из хранилища таблицу значений на сервере?

(4) Минимизировать кодоизменения. Там через все механизмы адрес в хранилище гуляет, а передавать таблицу, это переписать с 5 интерфейсов процедур.