Если после окончательного расчета еще сделать начисление в регистрации разовых, то опять появляется вычет.
Это косяк 1С? Или так и должно быть?

Просто интересно один ли я считаю, что это косяк

Это же нормальная ситуация когда после расчет, нужно еще что то разовое рассчитать сотрудникам.
Раньше когда НДФЛ считался только в начислении ЗП и вопроса бы не возникло, но сейчас когда добавили возможность, то пусть она считается правильно.

Идиотизм считать ндфл больше одного раза в месяц.

(5)В рамках ЗУП - возможно.
С ЗБУ немножко другая ситуация. Предположим, пришли бюджетные деньги по какой-то программе 10-го числа. И до 11 числа учреждение обязано отчитаться, что деньги все перечислены.

Но ситуация из (0) - все таки косяк.