Сейчас делаю так:

ВсегоКолонок = АктивныйДокумент.Cells(1,1).SpecialCells(11).Column;
ВсегоСтрок = АктивныйДокумент.Cells(1,1).SpecialCells(11).Row;
для Колонка = 1 по ВсегоКолонок цикл
    для Строка = 1 по ВсегоСтрок + 1 цикл
        Если АктивныйДокумент.Cells(Строка,Колонка).NumberFormat = "[=0]"""";Основной" тогда
        АктивныйДокумент.Cells(Строка,Колонка).NumberFormat ="0,00 "
    КонецЕсли;
    Если  Строка = ВсегоСтрок + 1 тогда
           АктивныйДокумент.Cells(Строка,Колонка).NumberFormat ="0,00 "
    КонецЕсли;

    КонецЦикла;

КонецЦикла;


Но если документ большой то этот процесс превращается в вечность ((

Есть какой то другой способ заменить формат ячеек одного формата на другой?

Может так:
    Range("A1:I25").Select
    Selection.NumberFormat = "#,##0.00;[Red]#,##0.00"
    With Selection.Font
        .Name = "Arial"
        .FontStyle = "обычный"
        .Size = 10
        .Strikethrough = False
        .Superscript = False
        .Subscript = False
        .OutlineFont = False
        .Shadow = False
        .Underline = xlUnderlineStyleNone
        .ThemeColor = xlThemeColorLight1
        .TintAndShade = 0
        .ThemeFont = xlThemeFontNone
    End With

Быстрее будет сформировать текст на VB запихнуть в Excel и там запустить.

(1)(2) Как это сделать?

Если эксель-файл формируется в 1с, то формат можно определять в табличном документе.