Захотелось убрать использование Номенклатурных групп (НГ) для ведения сложного учета НДС, там переделка минимальная в трех местах. Чем грозить будет? В целом учет производства, ведется без НГ.

(0) зря
заипёшься с обновлениями

проще использовать одну НГ для всех ТМЦ и ПФ

(1) Согласен, но не хочет никто НГ ставить)))
Может там в одном месте просто "Истину" возвращать в проверке, чтобы не лазило проверять в этот регистр. В целом смысла и разницы я не вижу: что НГ пустая, что заполнена одним и тем же значением.

Колитесь, кто смелый менял сложный НДС и ему за это "ничего не было"? ))

(2)[ но не хочет никто НГ ставить))]
что-то мешает делать это автоматом через справочник номенклатуры ?

Нет желания пару лет перепроводить, а цикл производства длинный.

(5) тебя научить без перепроведения  заменить пустую ссылку на полную =)