Начну сначала, чтобы было проще понять о чем речь.
Была типовая конфа, снял с поддержки, добавил документ, регистр.
Выпустил поставку, установил. Далее при обновлении типовой брал cf на него накатывал свои изменения, выпускал свои поставки, обновлял все работало. Но в определенный момент после обновления стали пропадать мои созданные документы, в конфигурации они есть, в режиме предприятия их нет, как будто система не может понять при обновлении что это уже существующий и создает новый объект конфигурации. Что я делаю не так?

Переместите в v8, пожалуйста

(0) Криво обновляешь.

А в режиме предприятия видимо либо в подсистему не включены, либо на интерефейс не вынесены.

Конфигуратор при обновлении по имени сравнивает объекты конфигурации?

по идентификаторам.

Так вот если я создал в типовой cf-ке объект (документ например) такой же(имя, реквизиты, подсистемы) как в моей(ранее выпущенной конфе) идентификаторы будут отличаться?

да

Тогда я не понимаю, прежде я обновлял по этой схеме и это работало, да и на некоторых базах работает до сих пор, что тут могло пойти не так?