Банк удерживает комиссии за всякого рода операции и при выгрузке из банк клиента выписки и загрузки в 1с появляется проблема - у банка везде пустой инн - и программа закидывает эти комиссии на первого контрагента с пустым инн. как быть?

А расчетный счет тоже пустой?

(1) нет. все реквизиты заполнены кроме инн.

варианты:
не иметь контров с пустым ИНН, кроме банка;
сделать банк первым с пустым ИНН

(0) какая конфа (редакция)?
наименование банка в файле совпадает с наименование в ИБ?

(0)Дописывайте загрузку.

(5) может для начала разобраться, прежде чем бросаться что-то "дописывать"?

(5) травы отсыпь
с платёжными ордерами во всех релизах 1С нет проблем с клиент-банком

(6) Уже давно разобрались. Если у плательщика пустой ИНН, то платеж цепляется к первому попавшемуся контрагенту с пустым ИНН. Это уже на протяжении веков.

решение - либо (3), либо (5), либо попросить банк указывать свой инн в выгрузках (ха-ха!)