(2) Однозначного ответа нет - это фича 1С.
Их методологи считают, что лучше включать, чем не включать.
В правилах ведения книг явным образом прописано - что и когда должно включаться в книги.
То есть реализация ЕНВД в книгу продаж попадать не должна. Однако прямого запрета включать в книгу такие продажи тоже нет.
Поэтому 1С предпочитает перебдеть, чем недобдеть.
Тем паче это включение не влияет на базу налога по НДС.