Комплексная автоматизация, редакция 1.1.46.1.
УСН, доходы-расходы.

Поступление на розничный склад. В РН "Расходы при УСН" попадает со статусом "не списано, не оплачено".
Платёжка исходящая - переводит в РН "Расходы при УСН" в статус "не списано".
Отчёт о розничных продажах в РН "Расходы при УСН" движений не делает. Как итого, в КУДИР расходы по товарам не попадают (как принятые к НУ).

Не умеет она что ли розничную торговлю при УСН обрабатывать?

Смотрел в отладчике - похоже, что при РАУЗе в "Отчёт о розничных продажах" полноценного УСН не обрабатывается. Может, какая-то регламентная операция за это отвечает?