Добрый день, бухгалтер по зп озадачила таким вопросом, можно ли сделать так чтобы при расчете НДФЛ в первую очередь применялся вычет по основной  зарплате (211 статья), а только потом 213 (больничный).
Сейчас обычно больничный делается перед начислением зп, получается что вычет НДФЛ увеличивает сумму больничного, и ФСС может задать вопросы, почему вычет не применили к основной зарплате.

Используем: Зарплату и кадры бюджетного учреждения.

с чего вы взяли, вычет в больничном, применяется и к 211 и к 213.
"ФСС может задать вопросы, почему вычет не применили к основной зарплате."
может, но не задаст.
А ответ на ваш вопрос - автоматом нет.

(0) ФСС компенсирует не выплату б/л, а его начисление. поэтому ФСС абсолютно параллельно как применяется вычет. Или у Вас не так?