Сформировал отчет по "РегиструНакопления.ПартииТоваровНаСкладах.Остатки".
В нём отчётливо видно, что по некоторым документам оприходования имеется отрицательный остаток - http://pixs.ru/showimage/RegistrNak_6209028_12505560.png
И действительно, поставив отбор по "Номенклатуре" и "Документу Оприходования" в "РегистреНакопления. Партии Товаров На Складах(управленческий учет)" я получил такую картину - http://pixs.ru/showimage/Partiitova_5617885_12505547.png
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший