В базе (файловая) есть 3 ссылки одного типа с одинаковым уид (00000000-0000-0000-0000-000000000000)
документов по этим ссылкам нет, есть способы их удалить минуя ТИИ?

Можно, разрешаю!

Ссылка.ПолучитьОбъект().Удалить()

попробовать запихнуть на скуль если таблица не будет против

http://kb.mista.ru/article.php?id=21

выгрузить таблицу с помощью tol_1cd
исправить, загрузить обратно.

(2) не прокатит, пишет элемент не выбран