Это проблема человека, который неправильно поставил на поддержку. Вернуть все взад и поставить правильно, сняв галку с корня дерева конфигурации, чтоб обновилась только конфигурация поставщика.
"Если в конфигурации не было изменений или не нужно сохранять наши изменеиня, а конфигурация в результате должна быть типовой, тогда жмем Выполнить. А если необходимо сохранить изменения, тогда внизу нажимаем кнопку Действия - Установить режим для всех... и выбираем Объединить с приоритетом основной конфигурации, порядок объектов: Из основной конфигурации."