нужно перенести иерархический справочник  в определенную группу, пусть для простоты примера значение группы содержится в Параметры.Группа. То есть перекинуть вместе со всей иерархией , но так чтобы в  корне ничего не было , все должно закинуться в Параметры.Группа. Надеюсь плнятно объяснил

Да

не подкинете идейку, что-то никак не придумаю

А зачем параметр Группы?

ну а так
При выгрузки написать свое ПКС для Родителя Номенклатуры с установленным заранее наименование к примеру

Или прописываем при выгрузке всем родитель определенную папку в базе источник, которая успешно "промигрирует" в базу приёмник

Или не выгружаем Группу, а при загрузки сами ищем нужную папке и прописываем Объект.Группа = ... (например Параметры.Группа)

(2) Как вариант: При загрузке проверять родителя. Если не заполнено - выставлять нужное значение. Получится вся структура упадет как есть, а верхних элемент "утащит" всю нижнюю структуру в твою папку.