В колонке табличной части документа можно задать красивый формат вывода числа, а можно задать формат таким образом чтобы вместо
"123,456" выводилось "123,46 %"?
если да, то как?

вынеси процент в шапку. Нет смыла захламлять колонку с данными

Если очень хочется поизвращаться, добавь вычисляемую колонку и склеивай цифры и %, только в ней не сможешь организовать ввод данных.

(0) колонку назови процент, знак процента не выводи

можно сделать 2 колонки в группу и во 2 выводить %