&НаКлиенте
Процедура ок(Команда)

    Shell = Новый COMОбъект("WScript.Shell");
    Сообщить    ("бла-бла");
    Shell.SendKeys("^+я");
    Shell.SendKeys("^+z");
    
КонецПроцедуры

в старом интерфейсе работает, в такси не закрывает окно сообщений.
Если просто нажимать клавиши "Ctrl" + "Shift" + "я", то нормально закрывается.

Как победить?

Эта команда не только закрывает окно сообщений, она еще и открывает его. И еще скорее всего нужно раскладку клавы знать, чтоб использовать какую-то одну из команд. Но это только догадки...

а если нажать "Ctrl" + "Shift" + "z",
тоже все открывается и закрывается

так что суда по коду, окно открывается - закрывается - открывается

этот же код в не такси отрабатывает нормально.