Нужно, чтобы пользователь не видел часть групп в справочнике.
Делаю динамический список произвольным запросом. Там создаю условие "Родитель в иерархии &Параметр"
В параметр передаю список нужных групп.
При этом все равно сохраняется вся иерархия справочнике, ограничения накладываются только на элементы.
То есть мне доступны элементы только из указанных мною в параметре групп, но при этом я все равно вижу все группы справочника.

Как можно ненужные мне группы скрыть?

Убрать основную таблицу

тогда иерархии в справочнике вообще  не  будет, а  только  элементы.
Нужно иерархию оставить, но при этом лишние  группы  скрыть :)

Создай второй справочник или регистр сведений, в котором показывай только разрешенную номенклатуру.

(3) это как ? :) :)
список  разрешений  меняется в зависимости от контрагента в документе при подборе номенклатуры.

(4)Какие еще входные условия есть для данной задачки? Я не телепат. Делай как тебе удобно. В типовых конфигурациях зачастую используют Номенклатуру контрагентов. Аналогично можно сделать и для покупателей.