Добрый день!
Странное дело, обновлялся из хранилища, в живую базу не попало два макета, с чем это может быть связано и как лечить?

ИМХО человеческая ошибка (не помещёны в хранилище были макеты например). Лечить не надо, надо внимательно обновлять

В Хранилище, и в конфигурации Хранилища эти объекты есть.
В базе, в которую я получил конфигурацию из Хранилища - нет.
Может быть, не проставилось при обновлении "Получить из Хранилища"...