Не могу понять как, сделать, чтобы при поиске по наименованию, подразделения прогрузились, и поменялись коды на коды источника?

(0) Сам-то понял, что сказал? Код - это обычный реквизит. Ты хочешь, чтобы у тебя получился объект, часть реквизитов в котором из источника, а другая часть из приемника?
Что за бред?

Ну, ПКС такое должно быть во первых. И снять у него флаг "Не замещать значение свойства в приемнике".

да вот он не стоит блин(

Ну а у самого ПКО такой же флаг снят?

Если я правильно понял, то нужно в случае нахождения элемента по наименованию заменить у него код?

А что непонятного, нормально вопрос задан. В ПКС поставь поиск по наименованию, а поиск с кода сними.

Проверь также обработчик "Поля поиска", возможно, там проставлен поиск по наименованию

Еще в ПКО проверь свойства онлай-обмена, варианты поиска.

(5) да

(6) сейчас еще попробую