В Windows с сайта поддержки скачивается инсталятор внешней компоненты, которая перенаправляет данные со сканера в приложение 1С, для linux нет такой компоненты, наверное как-то средствами ос нужно...
Компьютеры — прекрасное средство для решения проблем, которых до их появления не было.