как разорвать внутреннюю идентификацию после обмена данными в дух базах
Был поиск по коду и найдена номенклатура (но не та) и установлена после обмена внутренняя идентификация
После изменения кода номенклатуры старая позиция по прежнему находится при обмене и добавляется в документы

как или где разорвать эту связь

1. Регистр сведений СоответствиеОбъектовИнформационныхБаз.

конфигурации какие?

есть соответствующие регистры сведений для обмена , в них устанавливается соответствие-можно установить вручную

(2) Упп

+ к (1) или СоответствиеОбъектовОбмена

(2) удалил для объектов строку в регистре в обеих базах,
но связь установилась прежняя

если в правилах отключить поиск по внутреннему идентификатору но оставить поиск по коду - будет находится объект если с таким кодом он есть?

Лучше было не удалять связь, а поставить нужное значение для поиска "правильной" номенклатуры.

(5) Удалять надо в обеих базах.
Кроме того, если при обмене объект создался, то ему пишется ГУИ источника и, если синхро по ГУИ производится, то находится будет этот созданный объект

(8) Поэтому и лучше подменить, чем "ломать". :)

(8) в обеих и удалял

Заработал поиск новой номенклатуры по коду только после корректировки правил (удаления поиска по идентификатору) и очистки регистра
Если регистр не чистил тоже по прежнему брался идентификатор - хотя поиска по нему в правилах уже не было

(10) Проще говоря, сломал то, ради чего регистр соответствия и делался.

(11) только для номенклатуры для остальных объектов он остался

(12) Ну готовьтесь к задвоениям при изменении значения какого-либо поля поиска в ПКО.