Если в тестировании поставить все галки разом, то 1с последовательно выполняет действия, т.е. сначала реструктуризация, реиндексация, проверка логической целостности? И каким этапом идет пересчет итогов? Или так делать нельзя, а лишь самому выбирать порядок?

Всё делается сверху вниз по галкам.

(1) ок, а логи создаются, помимо окна сообщений?

(2) Тебе проще посмотреть самому )))
Чем мне это запускать... Я не помню.

(2) попросишь ключами запуска - создаст

(4) как пишется?я токмо этот нашел /IBCheckAndRepair , но это не то )))

(5) в смысле параметры LogIntegrity и LogAndRefsIntegrity