Вспоминаем что во всех примерах по публикации Веб сервисов были примеры, что нужно завести виндового пользователя, запустить IIS под ним, создать в 1С пользователя с виндовой авторизацией привязав его к виндовому пользователю, НО в этом случае все Веб клиенты авторизуются под одним пользователем.
Есть примеры с настройкой конфигурационного файла:
Пример 1. Прописываем "жестко" пользователя 1С под который будет работать весь веб в конфигурационном файле IIS
Пример 2. Разносим настройку веб клиентов и веб сервисов по двум разным файлам.
