Бухгалтерия 3.0 ПРОФ.
Есть база РИБ: центральная база и периферийная.
Нужно объединить 2 контрагентов в один. Для этого использую стандартную обработку "Поиск и замена дублей". Как это правильно сделать, чтобы корректно синхронизировалось в периферийную базу?

Оно само. По-идее.

если обмен штатный, то синхронизация будет по ИНН.
проверьте всем ИНН, потом ищите дубли

(2) Разве только по ИНН? потому что есть несколько контрагентов с одинаковым ИНН, хотя бы даже с пустым ИНН, типа "Работники" и проч.

(0) В случае с РИБ нужно осторожно все делать. Замена делается в центральной базе. При этом желательно проконтролировать что объекты в которых заменилась ссылка, обязательно зарегистрированы в плане обмена по нужному узлу. А в переферию все приедет при первом же обмене.