Комплексная автоматизация 1.1.59.1, РАУЗ, директ-костинг.
Используются затратные счета: 20, 23, 25, 26, 44.
Раньше затратные счета закрывались вручную, поэтому первым делом свёл регистр "Учёт затрат (БУ и НУ)" на начало месяца к нулю (корректировкой регистров), а то там накопилось.

Проверил, что сумма по "Ведомость по учёту затрат" (рег.учёт) совпадает с суммой дебетовых оборотов по затратным счетам.

Выполняю "Расчёт себестоимости".

Ругается "Обнаружены отрицательные остатки по регистрам учета затрат!".

Посмотрел по регистру накопления "Учёт затрат (БУи НУ)". В частности, такие отрицательные остатки делают документы:
- Отчёт о розничных продажах
- Комплектация номенклатуры

кроме того, есть:
- Выпуск продукции
- Перемещение товаров
- Реализация товаров и услуг
- Поступление товаров и услуг
- Оприходование материалов из производства
- Авансовый отчет

Навыков не хватает, чтобы дальнейшую стратегию себе выбрать - помогите, пожалуйста.

(0) меняй настройку "Ведомость по учёту затрат" (рег.учёт) - она сможет показать тебе на каких значениях измерений зависают отрицательные остатки в виде отчета, а не по списку движений вида "расход"

(1) Я вижу, на каких видах измерений. Но таких измерений получается много. Можно не обнулять на начало месяца затраты, которые касаются товаров в рознице. Но тогда там будут висеть все затраты с начала использования программы.

(2) Могу только посоветовать прочитать какие-нибудь уже готовые статьи на заданную тему. Я ссылки на них уже высказывал в форуме неоднократно (статьи не мои), если есть желание - посмотришь.