БП 3.0. Изменений в конфигурации не очень много. Добавлена пара общих модулей, изменены несколько типовых документов. Собственно, как быть, чтобы и изменения сохранить, и обновления загрузить?

Наймите специалиста. А то с такими вопросами базу загубить...

http://catalog.mista.ru/public/18562/

Вариант А "лобовой":
1. Накатить типовую конфу
2. Вернуть в зад доработки

Вариант Б "толковый":
1. Накатить типовую конфу на неизмененные объекты
2. Измененные срастить руками
3. Полученный cf натянуть на бой

(0) В поиск!
На инфостарте точно развернутые статьи есть на эту тему.

При обновление конфигурации, у вас будет видно какие объекты изменены в вашей конфигурации, и какие объекты  изменились в новом релизе по сравнению с вашей конфигурацией. Правильно обновить так, чтобы не затереть ваши изменения, но и добавить обновления объектов. Есть много вариантов, если раньше не делали этого, то почитайте статьи на тему "обновление не типовых конфигураций".

Вносить изменения нужно так, что бы типовой функционал не затрагивать. Там более, что это БП 3, в которой масса возможностей для этого.

нажать на красную букву Я справа и читать все подряд до полного понимания.