В Бухгалтерии 3.0 в документе "Начисление зарплаты" для одного начисления заполняются дни и часы, а для другого нет.
В чем может быть дело?

При этом рассчитывает правильно.

с виду заполнены совершенно одинаково...

(0) Одно начисление по дням и часам - другое - нет. Покажи как у тебя выглядят виды расчета и начисление зарплаты

(2) а где это вообще в бухгалтерии настраивается по дням или нет?

в том то и дело, что нет таких настроек нигде...