Век живи - век удивляйся...
Как вариант - создай Регламентное задание, по расписанию. Если база на SQL - будет работать как служба.
Если файловая - все равно нужно запускать под пользователем "Обмен".
А там разве нет возможности в параметрах обмена настроить порядок обмена через ftp и по факту появления изменений ?
(0) Если есть общий модуль ПроцедурыОбменаДанными и/или ПроцедурыОбменаДаннымиПолныеПрава - то там ищи место, где можно/нужно обойти тобою созданное ограничение.
Есть два вида языков, одни постоянно ругают, а вторыми никто не пользуется.