Как можно сохранить значение, типа СохранитьЗначение(ИдентификаторСохранения, Значение)? В базу, но без редактирования метаданных.

записать в хранилище настроек

вот откопал ХранилищеОбщихНастроек.Сохранить, но там под пользователя. А есть сквозное сохранение?

(2) зависит от конфигурации

(2) там имя пользователя необязательный параметр

+(4) а еще это имя может быть ЛЮБЫМ. Главное при записи и при чтении использовать одно и то же.
Например
ХранилищеОбщихНастроек.Записат(КлючОбъекта, КлючНастроек, Настройки, "Общие настройки блаблабла", "ОБЩАЯ_НАСТРОЙКА_ДЛЯ_ВСЕХ_ВООБЩЕ" );